Fundado em 1919 pelo professor Augusto Marques, o Instituto Francano de Ensino (IFE) era o mantenedor do Colégio Ateneu, a primeira escola de comércio da região de Franca, localizado na Rua Padre Anchieta. A instituição tinha como objetivo principal capacitar jovens para a atuação na área de contabilidade empresarial. A primeira turma de contadores graduou-se em 1929. Em 1950, os novos proprietários, Alfredo Palermo, José Garcia de Freitas e Oliveira Diniz da Silva, transferiram a escola para outra localidade e ampliaram a oferta de cursos, incluindo formação para professores da educação infantil e do ensino fundamental, além do ensino médio.
Na década de 1940, o colégio Ateneu mudou-se para um novo prédio, situado entre as ruas Simão Caleiro, Campos Sales e Major Claudiano. Embora mantivesse a ênfase em Ciências Contábeis, passou a oferecer, oficialmente, os cursos de Ginásio e Contabilidade. Não há registros precisos sobre o funcionamento da escola entre 1942 e 1950. Durante a década de 1960, a instituição passou por um processo de expansão física, com a construção de novas salas de aula.
Em 1971, passou a oferecer os cursos Ginasial, Colegial, Técnico em Contabilidade (Comercial) e Normal, com ênfase em Educação e Ciências Físicas e Biológicas, além de programas de formação e aperfeiçoamento de gestores escolares. Em 1976, um grupo de professores, Antônio Garcia Neto, Marcos Ceraceni, João Maurício Bonifácio e Nelson Silveira, adquiriu o Instituto Francano de Ensino, mudando sua razão social para Instituto Francano de Ensino Alto Padrão, com o nome do colégio mudando para Colégio Alto Padrão.
Alguns anos depois, na década de 80, os professores Clóvis Ludovice e Adib Cury, sócios da União das Faculdades Francanas, adquiriram também o Colégio Alto Padrão, iniciando grande fase de investimentos sob a liderança do Profº Clóvis que era o grande entusiasta da educação básica do grupo educacional. Em 2002, a instituição mudou-se da Rua Campos Sales, 1289, no Centro de Franca, para um prédio especialmente construído para receber o colégio dentro do campus da Universidade de Franca (Unifran), consolidando um modelo educacional inovador: uma escola de Educação Básica integrada ao ambiente universitário. O Colégio Alto Padrão passou a funcionar como escola de aplicação da Unifran, com acesso à infraestrutura acadêmica da universidade, como laboratórios, clínicas, bibliotecas e instalações esportivas, além da atuação direta de docentes do ensino superior em atividades práticas.
Em 2013, a gestão do Colégio Alto Padrão foi assumida pela Cruzeiro do Sul Educacional, que manteve todos os valores educacionais que fizeram da instituição grande referência de ensino da cidade de Franca durante mais de um século.
Desenvolver a visão crítica e criativa do ser humano, construindo valores e atitudes que orientem as relações interpessoais em todos os níveis da vida, valorizando, assim, o saber para a realização de ações fundamentadas em uma perspectiva sociocultural.
As finalidades educacionais do Colégio Alto Padrão remetem ao conjunto de valores e atitudes sustentado nos alicerces do desenvolvimento pleno do ser humano, habilitando-o a construir uma sociedade mais justa, crítica e humana, privilegiando a construção da autonomia e da identidade das competências necessárias à convivência humana.